Zagrożenia dzieli się na trzy grupy:

• biotyczne (np. szkodliwe owady, grzyby patogeniczne, ssaki roślinożerne);
• abiotyczne – ekstremalne zjawiska atmosferyczne (np. silne wiatry, śnieg, ulewne deszcze, wysokie i niskie temperatury);
• antropogeniczne – wywołane przez człowieka (np. pożary, zanieczyszczenia przemysłowe, zaśmiecanie lasu).

Przeczytaj więcej o ochronie lasu

Zagrożenia biotyczne
2695 ha, tj. 11,8 proc. powierzchni leśnej Nadleśnictwa Borki, stanowią drzewostany na gruntach porolnych. Zagrożone są one przez opieńkę oraz hubę korzeniową. W celu ograniczenia rozprzestrzeniania się tych patogenów stosowane są metody biologiczne (zabezpieczanie pniaków preparatem PG IBL – Phlebia gigantea) oraz mechaniczne (usuwanie i palenie porażonych drzewek w uprawach i młodnikach).
W ochronie lasu przed owadami istotne znaczenie ma ochrona upraw drzew iglastych (sosna, świerk) przed ryjkowcami. Stosujemy metody mechaniczne, np. okopanie uprawy rowkiem izolacyjnym, wykopanie na takiej uprawie dołków chwytnych, do których dodatkowo wkładane są środki wabiące, a zwabione tam szkodniki są niszczone.
Ważnym zagadnieniem jest również ochrona lasu przed szkodnikami pierwotnymi (liściożernymi), takimi jak brudnica mniszka, strzygonia choinówka, poproch cetyniak, boreczniki i zawodnica świerkowa. W tym celu prowadzone są różne prace prognostyczne, np. liczenie samic brudnicy mniszki podczas przejścia przez zagrożone drzewostany w czasie kulminacji rójki, jesienne poszukiwania zimujących stadiów szkodników sosny czy świerka.
Starsze drzewostany iglaste narażone są na szkody od szkodników wtórnych (uszkadzających drewno) takich jak cetyńce, korniki i przypłaszczek granatek. Ochrona przed tymi szkodnikami polega głównie na: wyznaczaniu, terminowym usuwaniu i wywożeniu z lasu drzew zasiedlonych, utylizacji resztek poeksploatacyjnych (gałęzi, kory) powstałych podczas pozyskiwania drzew zasiedlonych, terminowym wywozie pozyskanego drewna z lasu, a w razie jego pozostawania w lesie w okresie wiosennym i letnim – korowaniem i wykładaniem pułapek wabiących.
Duże znaczenie gospodarcze mają szkody powodowane przez zwierzynę (jeleń, sarna, łoś), którym zapobiega się przez grodzenie, smarowanie repelentami, zabezpieczanie wełną owczą oraz palikowanie cennych gatunków. Zimą podczas wykonywania pielęgnacji młodników i drzewostanów pozostawia się zwierzynie ścięte gałązki na dwa – trzy tygodnie, co znacznie ogranicza spałowanie młodników.

Zagrożenia antropogeniczne

Całość lasów Nadleśnictwa została zakwalifikowana do III kategorii zagrożenia
pożarowego (małe zagrożenie).
Tereny  te  narażone  są  na najczęściej  występujący  pożar  pokrywy  gleby  a także  najgroźniejszy  w  skutkach  pożar  całkowity.
Na  terenie  nadleśnictwa  obszary  takie  występują  w  leśnictwie  Kruklanki (oddz.284-287), powierzchnie  przyległe  do  trasy  Kuty-Jakonówka-Kruklanki (oddz. 225-229 leśnictwa  Kuty  i oddz. 232-271  leśnictwa  Wilkus),  uroczysko Szczypały  w  leśnictwie  Orłowo (oddz. 258- 264), uroczysko  Gawlik  na terenie  leśnictwa  Sarnianka  (oddz. 239-252)  oraz  całość  leśnictw Pozezdrze  i  Ogonki.
Palność  za  wyjątkiem  (obszary zagrożone w/w)  jest  minimalna,  większość terenów  położona  jest  na  terenie  podmokłym  i  bagnistym.